初品BioPerl(第一篇:让BioPerl在你的电脑上安家)

九月 18, 2010

Perl的模块有两类,一类是内置在Perl中的,比如小驼书中提到的CGI,File::Basename等,所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们;另一类则是与Perl相分离的,所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸,BioPerl属于后者。而且,安装过程对某些人某些电脑来说不是很容易。
        首先,如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流,已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话,那么恭喜你,安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单! 😛 打开新立德软件包管理器,输入BioPerl搜索,出现的第一项就是(目前的版本是1.6.1),然后右键点击选择“安装”,系统就会自动把所有依赖的软件包全部安装上。怎么样,是不是很方便呢?而且将来某一天若BioPerl有了更新,可以很方便地使用新立德来升级。

      当然,如果大家都这么方便的话,我就不用写这篇文章啦!对于使用其他Linux和Unix系统的人来说可能未必有这种软件包管理器(即使有,在软件源里也未必有BioPerl的安装文件)。但是所有的类Unix系统应该都支持“源代码编译安装”的方式(这是不少Linux高手自认为很酷的装软件方法,哪怕现在还有好多人在用。新手最好不要用,很容易出现问题)。
      对于这些类Unix系统的用户来说,安装BioPerl和安装一些普通的软件方法是一样的,步骤是:
     (1)下载BioPerl的源代码,并解压。我提供两个网址:
      http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
      http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
     (2)进入该目录,然后执行下列命令:

$ perl Build.PL
$ ./Build test
# ./Build install

 

      注意:执行./Build install时必须要有系统管理员权限。
      这种方法看起来好像挺简单的,但其实不太容易。因为BioPerl和许多其他模块有依赖关系,所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最好要在连接Internet的情况下安装才行。如果你只想用BioPerl的核心模块,不想使用额外附加功能,可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否会出现问题。

***********************         分割线           *******************************

      接下来要处理最麻烦的一种操作系统:Windows。因为在Windows上使用“源代码编译安装”并不容易(甚至可以说就是不行的!)。
      如果你的英文水平还不错,请阅读以下文章:
      http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows
      如果你实在不想看英文,请跟着我走:
      相信大多数Windows用户应该是使用ActivestatePerl的版本,首先确保它是最新的。安装BioPerl有两种方式:
     (1)使用ActivestatePerl的PPM(Perl包管理器)来安装。这种方法速度很慢,如果你机器配置不够好的话只有等着死机。
     (2)使用命令行模式安装。这种方法经过我测试,很稳定,强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接
      你需要执行的命令是:

 

C:> ppm-shell
(回车出现下一行)
ppm>
ppm> repo add http://bioperl.org/DIST
ppm> repo add uwinnipeg
ppm> repo add trouchelle
ppm> install BioPerl

 

      注意看仔细了,别打错字母!
      根据小驼书的说法,判断系统上是否已经安装了一个模块,可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档,说明已经安装成功了,否则呢,还是自己找一下原因吧!
      对于BioPerl来说,我们可以查看其中的一个模块的文档:

perldoc Bio::Seq

 

      不要自作主张地写成perldoc BioPerl !找不到的!因为并不存在BioPerl.pm这种模块,它只是一个统称而已。对于Ubuntu用户来说,perldoc这个命令默认没有安装,自己手动把它安装上去即可。
       BioPerl安家之后,我们就可以尽情地享受它带来的乐趣。

更精彩内容请看:初品 BioPerl - 新手上路  http://bioperl.bnuzhutao.cn/Chapter_1.html

posted in Perl by billzt

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5 评论 在 "初品BioPerl(第一篇:让BioPerl在你的电脑上安家)"

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游客

还可以用 CPAN 来安装,可以自动解决依赖关系。

游客

也是哦!就是我还没试过 ^_^

游客

我是Windows Vista的系统,照着命令行模式安装 ,到repo add uwinnpeg就开始失败。试了好多遍,后来按照 http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows这上面推荐的CPAN方法安装很容易哦,就成了。 😛

游客

@CC, 说错了,是用的官网推荐的PPM GUI方法。

游客

我最近下载了一个模块SVG::TT::Graph::Bar,但是在make test的时候总会报错,我没有管理员权限,我是安装在自己的路径下,所以在进行perl MakeFile.PL,make,makeinstall的时候都在后面加了-prefix=/path/。不知道这样对不对

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