初品BioPerl(第九篇:重写 Chapter 2:手工构建序列)

十月 31, 2011

离上一篇 BioPerl 的博文发布又过去了半年,在这期间常接到一些网友来信询问关于 BioPerl 的问题,归类起来不外乎以下几类:

(1)要用 BioPerl 去下载某个/某些特定 ID 的序列。这个其实现在已经比较难办,国内的网络环境越来越差,使用外部接口去下载 NCBI 难度很大,至少我现在没有试成功过,反而直接用浏览器下载是最快的,使用 FTP 到 NCBI 的目录上去下载也是一个好办法,总之别打 Perl 的主意了。

(2)要用 BioPerl 解析 genbank 文件(口气很大哈,上来就 genbank)。以我的理解,genbank 更多地是给人阅读、展示,而不是用来程序解析的。如果你仔细找一找,很可能还有其它更容易处理的注释格式(比如 gff 格式)。

经过半年的“不懈努力”(其实是间断性地过来写写),《初品 BioPerl》的第二章第一节《DIY:手工构建序列》终于完工了(额,这时间磨的)!这实际上是对之前第二篇教程的重写,但绝对不是简单的小修小改哦,已经加入了很多新的内容:对“序列对象”的解释、序列的翻译、序列的互补、子序列的提取等等,都是新加进去的,绝对是相当给力呵!

你要问地址在哪儿?戳一下顶上的 BioPerl 标签吧!

posted in Perl by billzt

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8 评论 在 "初品BioPerl(第九篇:重写 Chapter 2:手工构建序列)"

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游客

呼……我那天也学下perl脚本吧,调教linux应按挺方便的

游客

@Mucid, 哈哈,欢迎~~~~~

游客

虽然俺也学习perl,但是这个模块估计永远也用不到吧

游客

@yetone, 顾名思义,这模块是给生物信息学的人用的,这是 Perl 的主力军

游客

wget 套循环 一切都搞定

游客

@西门吹牛, 跪求大神上妙计

游客

博主你好,为正在学习你编的bioperl,深入浅出,十分精炼。能否写一个Bio::SearchIO的专题?网上找不到相关信息,本人英文实在菜!谢谢了!

游客

@yds, 有什么问题也可以直接发邮件讨论一下。SearchIO这个模块应该是处理blast结果的

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