第二篇投稿

一月 18, 2013

经过长达四个月的修炼,第二篇文章 Mechanisms of Intron Loss and Gain in the Fission Yeast Schizosaccharomyces 终于完成并投稿了。滑稽的是,第一篇文章(去年六月份投稿的)到现在还没有着落。

在迄今为止做的十八个课题中,这个课题的前世今生最具波折:

前世

研一入学后不久,老师交给我一个课题“芽殖酵母(budding yeast)内含子丢失与获得的规律”,其基本分析对象是芽殖酵母和它的几个近缘物种(同一个属的,叫不上名字来)。要分析内含子变化规律,首先要知道内含子在什么地方。遗憾的是,我直接卡在了这第一步,因为几个近缘物种的注释并不完全——甚至连基因结构的注释都没有。

当时的我颇有“年轻气盛”的感觉,想竭力探索一下,甚至想到了拿蛋白序列去匹配 DNA 序列来找内含子了,结果最后的结果很不理想,心灰意冷,放着没跟老师说。最后等到老师自己找上门来,终止了这个半截子课题。

萌芽

当时,实验室课题组刚发表了一篇研究曲霉菌内含子进化的论文,采用的数据来自于 BROAD INSTITUTE 网站。我虽然终止了课题,但心有不甘,就在 BROAD 网站上寻找其它可用的数据,看看能否做点别的。我确实也看到了若干个真菌类群的基因注释,可以用来分析内含子进化的规律。但很遗憾的是,上网一查,大部分都已经被其他人做过了。最后锁定了一个类型——裂殖酵母。

我在 Web of Knowledge 里面翻来覆去地找,确认了这个物种没有被前人研究过之后,就把想法告诉了老师。但得到的答复是:裂殖酵母没有芽殖酵母那么重要,所以暂时放一放。于是,课题在萌芽状态就被搁浅了。

开篇

萌芽被抑制之后,就做另外一个课题,结果以失败告终。转眼间到了第二个学期,老师终于把这个课题交给我了,据他的意思是说这个课题“保底”,毕竟当时我还没有决定是否要出国,如果要出国的话就可以拿这篇文章“保底”。由于研一还要上课,时间有限,加上当时自己技术水平也有限,一直断断续续地做着,直到五月份的一天……

老师指着电脑上刚下载的一篇文献让我看,我惊了,居然也是讲裂殖酵母的比较基因组学,还发表在 Science 上,其中也涉及到了内含子的丢失/获得。也就是说,被人“抢”了。

中断

我仔细看了看那篇 Science 上的文章,感觉真正重叠的内容并不多,或许可以接着尝试做一做。不过很快到了暑假,我按照老师的指示跟着师兄重复他的课题,自己的工作暂时放下了。后来决定转博后,老师让我做一些“挑战性”的课题,零零散散地,基本上全部失败。其中也有一个成功的,就是之前投稿的一篇关于假基因的文章。可惜被 MBE 无情地拒掉了。

恢复

被 MBE 退稿是在研二的暑假,我们一方面赶紧修改转投,另一方面也抓紧做别的课题。当时老师有一个朝思暮想的假说“内含子变化与结构域的关系”,需要收集不同进化分支上的各个代表物种做研究对象,收集的有作为高等动物的小鼠/大鼠、作为低等动物的果蝇、作为植物的拟南芥,作为真菌的裂殖酵母。我们当时的设想是裂殖酵母直接使用 Science 上那篇发表的文章的数据。但是仔细一核对之后发现,那上面的数据并不完整。而此时,仍无任何关于裂殖酵母的内含子研究发表。于是我们决定,重新做一做这个课题。

经过两年的磨练,自身技术有了一定长进,仅用了一个月时间就完成了全部分析,其中还发现了一些新的结果:比如不精确内含子丢失、分支位点突变导致外显子化等。

我也是第一次写文章(之前第一篇文章是老师帮忙写的,这是实验室的惯例),有点晕头转向,特别是在写  Introduction 时更晕。不过写到后面就开始进入状态了。当然,自己写到初稿还是很粗糙,基本上的文字都被老师修改时替换掉了。使我比较满意的是文章里的八张插图,均是自己编辑的,效果相当 Nice。

最后,希望这个自己发现、自己操作、自己总结的论文,顺利过关……

posted in Biology Science by billzt

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说点什么

5 评论 在 "第二篇投稿"

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游客

希望你这一篇能够顺利~

游客

@jiangl_cmb, 加油加油

游客

我说这么长时间没你动静了呢,原来闭关修炼文章去了,呵呵。

游客

@Cloudpen, 一个漫长而艰辛的过程

游客

研究生课题? 🙄 🙄

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