'Biology Science' Category

  • 投稿 BMC Plant Biology

    三月 3, 2017

    据上次投稿已有四年之久,这次终于投了一篇完全属于自己设计、实施、撰写的稿子。

    • 16 Jan 2017: Submitted
    • 16 Feb 2017: Under Review
    • 23 Feb 2017: Under Review
    • 28 Feb 2017: Under Review
    • 02 Mar 2017: Under Review
    • 17 Mar 2017: Reviews Received
    • 19 Mar 2017: Revise - Minor Revision
    • 26 Mar 2017: Revision Submitted
    • 27 Mar 2017: Editorial Assessment
    • 24 Apr 2017: Minor Revision
    • 01 May 2017: Revision Submitted
    • 02 May 2017: Editorial Assessment
    • 08 May 2017: Editorial Assessment
    • 10 May 2017: Editorial Assessment
    • 17 May 2017: Accept
    • 18 May 2017: Final Decision Accept
    • 8 June 2017: 正式Online

    附:所有的状态列表

  • 生信者的 Windows PC

    九月 20, 2015

    在过去的一年,历经波折,本以为要离开生信者行业,最后绕了一圈还是绕回来了。好在:博客不用改名了! 🙂

    在上研究生的五年期间,作为一个生信者,个人的工作 PC 安装了 Ubuntu Linux 操作系统,当时最直接的原因是不想用 WIndows 下丑陋的 putty 作为 SSH 客户端来连日连夜的工作。页面丑、中文支持不好、X 支持不好……反正是各种毛病。再加上当时刚接触 Linux,自然也想需要有一个能够自己操控的平台用于练习。于是,我就在那台 08 年的 HP PC 上连续用了 5 年 7 个版本的 Ubuntu:10.04、11.10、12.04、12.10、13.04、13.10、14.04,直到今年 6 月份毕业。

    Ubuntu 作为一个大众化的 Linux 发行版相比于 Windows 来说确实有很多优点:上手容易 + 界面美观而又轻巧。但是,在 Ubuntu 上不能轻松地使用 QQ,也不能完整地使用 Office,最基本的办公成了最麻烦的问题。

    一晃眼,5 年时间过去了,世界发生了翻天覆地的变化:Linux 热潮已大幅度消减,取代而之的是智能手机、移动 OS 的天下。我的观念也发生了翻天覆地的变化:办公的基础是软件,而非 OS。在 Windows 平台寻找 putty 等软件的替代品显然比在 Linux 平台寻找 QQ、Office 等软件的替代品要容易得多。从今年 7 月份入职以来,我重新使用 Win7 作为自己办公的 PC 平台。经过两个月来的摸索,终于搜出了一些合口味的工具软件,能够让生信人非常舒服地办公。
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  • 密码子的简并性

    十二月 15, 2014

    “密码子简并”的概念在中学生物里就提过,即几个不同的密码子可以编码相同的氨基酸。但是密码子简并的规律之前却一直是模模糊糊的,趁这次刚完成类似的课题。趁热打铁总结一下:

    首先,为了直观、方便地看密码子的简并,我们需要一张“环形密码子图”,而非通常教科书上的那种“方格形密码子表”。下面就是我常用的一张环形密码子图,它的核心由三个同心圆组成:由里到外分别表示第 1 位、第 2 位和第 3 位密码子,外圈是密码子编码的氨基酸及其理化特性。
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  • BLASTN适用于极短的序列搜索的参数

    七月 21, 2014

    今天遇到一个小问题:需要搜索若干极短的DNA序列(不到20bp)的来源,首先想到的是BLAST,但是直接用默认参数肯定不行了。后来在某个大学的网站上找到了调整BLAST参数以适应极短的序列搜索的方法:

    BLAST Parameters for short query sequences

    For searching sequence similarities within very short fragments, BLAST may not be the best choice. If you want to tackle this anyhow, the word size should be reduced to the minimum, and the expectation value should be adjusted as well. Minimal settings for word size are -W 7 for blastn, and -W 2 for blastx in conjunction with reducing the neighborhood word threshold score to -f 8 or below (this is only necessary for blastx). Expectation value should be -E 100. Yes, that's no joke. When comparing against large databases like NT or NR, such high amounts of expected random hits have to be accepted. A lower eValue threshold could be used when only nearly exact matches are desired.

    其实主要就是把-W 设成7.尝试过,1条8bp长的序列,就算是严格地在库中存在,如果只用默认参数,啥也搜不到。如果加上-W 7,就可以搜到。

    但是第一句话已经给出了警告:对于这样的搜索,其实BLAST并不是最好的选择。究竟有什么更合适的呢?

  • 第二篇论文

    八月 28, 2013

    当初第一篇论文被接受时,迫不及待地要写一篇博客来庆祝一下。然后,就在同一个月,第二篇论文也被接受了,离投稿相隔了两个月。因为投的是 PLos One 这种被称为“灌水级别”的杂志,要求不是太高,而且审稿速度也很快,因此经过一个月的初审,然后一次小修之后,就搞定了。

    不知为什么当时没有记录一下呢?可能是因为这个过程太波澜不惊了,直到今天,看到博客的首页已经将近五个月没动笔,才想起来补一个上去。
    这种波澜不惊的活儿以后不会再有了。以后面临的,是充满挑战的全新的领域:Population genetics。SNP、DAF、Tajima's D,welcome!
  • 第一篇论文被接受

    三月 6, 2013

    回顾一下这崎岖坎坷的历程:
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