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  • 利用 Trinity+IGV 将 BLAT 的结果可视化

    一月 28, 2013

    课题组经常需要验证某个(或某些)注释的内含子是否存在,于是就需要使用转录数据去 map 基因组。转录数据目前常用的有两类,一类是高通量测序的 RNA-seq,这种 Map 比较简单,使用 tophat 处理即可得到比对结果,然后用 IGV 就可以实现可视化。输入数据是参考基因组和比对结果(tophat 输出的是 bam 文件,在导入 IGV 之前记得把两个数据都用 samtools 做一下索引,否则速度慢得有你好受的……)

    另一类是 EST,它们的序列比 RNA-seq 长一些,而且长度不等。这类 Map 主要是使用 BLAT 来完成。但是 BLAT 默认输出的 psl 格式的结果极其难读,更不用提可视化了。今天在网上找到了一个方法,利用 Trinity 里面的一个实用工具居然可以调用 BLAT 并产生 bam 格式的比对结果。特此记录一下。
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  • 第二篇投稿

    一月 18, 2013

    经过长达四个月的修炼,第二篇文章 Mechanisms of Intron Loss and Gain in the Fission Yeast Schizosaccharomyces 终于完成并投稿了。滑稽的是,第一篇文章(去年六月份投稿的)到现在还没有着落。

    在迄今为止做的十八个课题中,这个课题的前世今生最具波折:
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  • 从猴子到人

    十一月 30, 2012

    最近需要做一个课题需要涉及到与人近缘的物种,以前脑子里模模糊糊的印象有大猩猩、黑猩猩、猩猩,究竟谁排前面谁排后面仍然是一头雾水。今天正好整理了一下。

    首先是到 ensembl 物种页面上找,看到长得像人(猴子)的,就记下来,一共找到 7 个,然后把这些名字输入到 NCBI 的物种分类网站上,定出大致的先后顺序。不过给出的结果把人、大猩猩、黑猩猩并列了,于是再到 TIME TREE 网站上找人与各个物种的分歧时间,结果出来了:应该先是黑猩猩,再是大猩猩。而且,其他6个物种与人都有分歧时间的数据。

    附图:(那些数字就是分歧时间,单位:百万年)

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  • 又被拒了

    十一月 11, 2012

    从上次投稿以后,等了一个月零五天,找到了两个审稿人,再加一个人就功德圆满了。结果还是没能找到这位大救星,于是结果就比较惨了……

    本来嘛,如果没有任何审稿意见,那就直接转投+等待就 OK 了。不过这次返回了一个人的 comment 。语气比较平和,问题指出一堆。两个 major issues 直刺要害(而且基本上没有修改的余地,要是真存在这种 issue,文章估计要放弃了)。明天周一,等老师定夺吧。

    记得7月份第一次被拒时心里有点忿忿不平,现在被拒的次数多了也就习惯了。

  • 使用 Wine 安装 BioEdit

    十月 7, 2011

    BioEdit 这个 Windows 软件在 Wine AppDB 中获得了多个 Silver(银级) 至 Platinum(白金级)的评分,可见表现还是相当好的。当然想要完美地安装、运行它还是需要做一点准备工作:
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