'Perl' Category

  • 用bioperl计算比对的相似度

    十二月 7, 2014

    BioPerl 的比对模块(Bio::Align)中有三个方法用来计算比对相似度,它们分别是 percentage_identity,overall_percentage_identity 与 average_percentage_identity。

    下面先以两条序列的比对为例,假设在文本文件 align.fasta 中放如下比对(FASTA 格式):


    >seqA
    CACAC--CCG
    >seqB
    CTCACATCCG

    这个比对长10bp,第 2 位碱基不同,第 6、7 位还有 gap。下面来看这三个方法计算结果的差异:
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  • Windows perl处理中文

    七月 29, 2014

    最近在提分网做了一段时间的兼职,工作主要是试题校对,经常需要进行文本替换操作,纯手工操作特别麻烦,于是我就想到是否可以借助 Perl 的正则表达式功能来进行替换。但是以前工作中仅用 Perl 处理过纯英文的字符串,现在要面临的是中文字符串,或者中英文以及数学公式、标点符号混合字符串,而且还是在 Windows 平台上,Perl 能否胜任?

    通常,最初测试 Perl 是否正常运行的语句是:

    print "Hello, world\n";

    那么,如果要测试它打印中文字符串,可以尝试:

    print "你好!\n";

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  • 普通用户安装 R 包

    八月 27, 2013

    一般 R 语言的书籍上,介绍安装 R 包的方法都是这样的:

    install.packages("packagename");

    一般而言这不会成功,因为它默认会安装到系统目录下面,而普通用户在这个目录里并没有写入的权限。
  • 利用 Perl 比较两个数组

    一月 30, 2013

    这需要使用一个模块,叫做 List::Compare, 利用它新建一个对象,并导入你想比较的两个数组。

    my @array_a = (1,3,6,7,8);
    my @array_b = (3,0,8,9);

    # 新建一个对象用于比较
    my $lc_obj = List::Compare->new(\@array_a, \@array_b);

    然后就可以进行各种操作了:
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  • CPAN 的配置与普通用户安装 Perl 模块

    九月 28, 2012

    我以前曾经在讲 BioPerl 时有意无意地提到,安装 Perl 模块最简单的方法是:

    把模块文件下载下来,放到自己的某个目录下面,再把该目录添加到自己的路径(~/.bashrc)里面。例如,以模块 List::MoreUtils 为例,它实际上代表一个名为 List 的文件夹,里面有一个名为 MoreUtils.pm 的文件。把这个文件夹放在自己的目录下面(例如,~/perlmodule/),再把~/perlmodule/目录添加到自己的 $PERL5LIB 变量里面就 OK 了。

    export $PERL5LIB = $PERL5LIB:"~/perlmodule/"

    自己曾经用这种傻瓜式的方法很长时间。但是这种方法只适合很简单的模块,稍微复杂一点的就不行了,比如依赖于其它模块的,或者需要复杂“处理”的。
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  • Perl:巧用函数处理数组(二)

    七月 9, 2012

    Perl 核心库里面有个 List::Util 模块,在上一篇文章里面已经提过。此外,在CPAN上还有一个更加高级的模块:List::MoreUtils(注意,是复数,后面有个s哦!)它可以看成是 List::Util 的强化版本,能更加方便地处理各种数组问题。这种模块在小驼书里面是不会讲的,在《Perl 最佳实践》这本书里面有所提及。
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