'Perl' Category

  • Perl: 什么时候需要 close 文件句柄?

    七月 2, 2012

    Perl 可以使用 open 函数来打开某个文件并对它进行一些操作,比如:打开一个名为 file.dat 的文件:

    open my $fh, "<", "file.dat";

    然后可以对文件进行一些操作,比如逐行打印它的内容:

    while (<$fh>) {
       print;
    }

    然后程序可以结束了,这时有两种意见:
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  • 推荐一个 BioPerl 的翻译

    三月 13, 2012

    地址是:http://bioops.info/category/programming/bioperl-howto-translation/

    因为那个也是一个博客,现在可以看出博客的问题了:里面的日志都是按照时间顺序从新到旧排列的,所以翻译的文章篇目顺序也要反过来了。这便是我决定不再博客里写BioPerl而是准备单独建新页面的原因。

    我自己的那个也要更新,毕竟简单翻译和按照自己感受书写是两码事。

  • 使用 dbfetch 从远程数据库中批量下载序列

    十二月 14, 2011

    首先声明作废两篇关于下载序列的文章:第一篇第二篇。原因很简单:天朝的网速已经不能容忍了。

    在此推荐一个新的下载序列的方法:使用 EMBL-EBI 的 dbfetch 工具,它的主页是:http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/emblfetch

    你需要提供的信息有:序列的 ID 号、序列所在的数据库、序列的格式、下载的文件类型。注意:前面三个信息不是随意搭配的,EBI 支持的数据库列表参见 http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/dbfetch.databases,每种数据库只能支持特定的 ID 号以及特定的序列格式,别张冠李戴了。
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  • 巧用 Perl 函数处理数组(一)

    十一月 7, 2011

    以下这些函数来自于 List::Util 模块,这是 Perl 内置的模块,不用白不用!

    (1)求数组的和:不需要一个一个地累加,直接调用 sum 函数

    use List::Util qw/sum/;
    my @array = (10, 20, 30, 40);
    my $sum = sum @array;       # 得到 100

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  • 初品BioPerl(第九篇:重写 Chapter 2:手工构建序列)

    十月 31, 2011

    离上一篇 BioPerl 的博文发布又过去了半年,在这期间常接到一些网友来信询问关于 BioPerl 的问题,归类起来不外乎以下几类:

    (1)要用 BioPerl 去下载某个/某些特定 ID 的序列。这个其实现在已经比较难办,国内的网络环境越来越差,使用外部接口去下载 NCBI 难度很大,至少我现在没有试成功过,反而直接用浏览器下载是最快的,使用 FTP 到 NCBI 的目录上去下载也是一个好办法,总之别打 Perl 的主意了。

    (2)要用 BioPerl 解析 genbank 文件(口气很大哈,上来就 genbank)。以我的理解,genbank 更多地是给人阅读、展示,而不是用来程序解析的。如果你仔细找一找,很可能还有其它更容易处理的注释格式(比如 gff 格式)。

    经过半年的“不懈努力”(其实是间断性地过来写写),《初品 BioPerl》的第二章第一节《DIY:手工构建序列》终于完工了(额,这时间磨的)!这实际上是对之前第二篇教程的重写,但绝对不是简单的小修小改哦,已经加入了很多新的内容:对“序列对象”的解释、序列的翻译、序列的互补、子序列的提取等等,都是新加进去的,绝对是相当给力呵!

    你要问地址在哪儿?戳一下顶上的 BioPerl 标签吧!

  • 初品BioPerl(第八篇:后续……)

    五月 16, 2011

    距离 “初品BioPerl” 系列的上一篇文章已经整整过去半年了,有些朋友甚至开始着急:好像还有好多没讲呢?为啥米不更新了呢?
          没错,原因列表如下:

    (1)我有点懒,一时半会儿想不出该怎么写。
    (2)从博客后台的访问统计来看,这个系列还“比较受欢迎”(尽管我知道在中国学Perl的少得可怜),看来有必要整理一下。
    (3)前面几篇分布得太零散了,不整理一下不行了。博客的日志是按照发表时间排序的,适合记录心情,不适合记录过于学术化的玩意儿。学术这东东,讲究按照逻辑排序,不然一些学者要愤怒了。
    (4)接下来的内容会比较复杂,直接插到博文里已经不合适了。至于要把它们浅显易懂地描述出来,更是不容易。

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