2010最后留念

十二月 31, 2010

终于又能坐在实验室的电脑前了!能有机会为2010年留下最后一点留念!
     过去的两个礼拜对我来说是相当不幸的。由于某些未知原因导致我突发脚趾感染,接连在床上躺了十几天,即使现在也还没有痊愈,但至少我能独立行走啦。过去的十几天我算是体验到了残疾人的滋味,体会到了双脚的重要性(有些事情没有亲身经历过真是不可言传的)。想想自己在十月和十一月虚度的日子,真是惭愧。再想想上个星期课题貌似要出结果了,偏偏这时我却病倒了,差点把最后的英语课给落下,想想真是遗憾。
     幸运的是,有那么多的同学朋友在关心我,那么多的师兄在照顾我(不瞒你说,最开始的那几天我几乎都失去自理能力了,进出医院都是师兄背着我的),我真的感到好温暖好幸福。两星期来天气也一直很暖和,没有下雪,给我的治疗和康复带来了很大的便利。再加上亲爱的琳琳也一直鼓励着我,今天我终于能回到久违的实验室了。真心地跟大家说声:谢谢!
     新的一年我要做什么呢?呵呵,首先当然得通过期末考试吧!然后呢,继续经营这个小屋(看到顶上有个BioPerl的页面了吗?以后关于BioPerl的就往那儿放了),继续检验老板的假说(如果人品好一些就发个paper吧),在家过个好年(从今年开始可以和爸妈安安心心地过年了),争取能品味到我期待已久的《仙剑奇侠传五》,和好朋友多去几个地方玩玩……嘻嘻,暂时能想到的就这些喽!忘记伤痛吧,2011年一定很不错!

wordpress升级到3.0.4

十二月 31, 2010

我在最初建立这个博客时用的是3.0.1版的wordpress,之后几个月虽然提示有更新,但是我一直心存恐惧不敢贸然操作,因为我在网上看到过不少因为更新失败导致博客崩溃的悲剧。偏偏昨天又冒出来个3.0.4版的更新,而且据说这次的更新非常“紧急”,既然都到了这个节骨眼上,而且又是新年。我想新年该有个新貌,不知哪来的勇气,准备冒险更新一下。采用的是最懒的方法——后台自动升级。
      步骤么,很简单:首先是备份。我之前一直不敢更新,原因就在这儿。虽然我的主机有DirectAdmin控制面板,可是不知为什么在学校里经常会掉线,所以想使用它来备份是不可能的。于是乎我又选了个最笨的方法:使用wordpress导出工具直接导出了一个400K的xml文件,就算完事了。第二步是停用所有的插件。我当时一激动(不知道为什么激动)竟然把这一步忘了,直接点了“升级”,幸亏我反应及时,按住了浏览器的“停止”键,然后回到插件界面,手动停止了所有的插件(我的插件很少的)。最后当我回到升级界面时,却发现已经升级完毕了,查看了一下源代码,确实已经是3.0.4版。看来之前并没有“暂停”住。 🙂
      最后手动启用插件,一切正常。原来就是这么简单啊!很多事只要放手去做,并没有想象中那么困难。

初品BioPerl(第六篇:从远程数据库下载序列之二)

十二月 12, 2010

假设我们现在要下载两条Genbank格式的序列,它们的编号分别是AC013798和AC021953,你也许会试着这么写:

@seq_obj = $db_obj -> get_Seq_by_acc('AC013798','AC021953'); 

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写在志愿者日

十二月 5, 2010

曾几何时,唱着“学习雷锋好榜样”,我们的内心是多么激情澎湃。

再看看现在,套用赵本山大叔的话吧:“这人都咋的了,张嘴钱闭嘴钱的!为人民服务救死扶伤都给谁说的!…………能给多少钱啊?”先别忙着笑,先想想自己是不是也是这样?

如果一个知心朋友问我:改革开放30年带给中国什么?我会毫不犹豫地说:带来了钱。没错,GDP上来了,人均可支配收入上来了,西方先进的政治理念还是没有进来,反而把雷锋赶走了。有时我真想回到改革开放之前的年代去,虽然穷,可是大家都一样,帮助别人也不需要理由,大家在一起安安心心地过过小日子不好吗?

如果将来有一天,我的孩子问我:什么是共产主义社会?我会告诉他/她:

共产主义社会,就是当你明知道一个软件可以从网上下载破解版时,还是会自觉地花79元钱向作者购买。这是对作者的尊敬。

共产主义社会,就是你明知道翻译一个软件(一本书也可以)不会带来什么经济效益,甚至连名字都不会留下,还是会自觉地去做。为了广大人民的利益,会自觉去做个活雷锋。

共产主义社会,就是开奥运会时会积极去报名当志愿者;不开奥运会时,会自觉地帮助爸爸妈妈扫地、洗衣服、做饭。做志愿者的事情不是非要写在简历上的。

共产主义社会,就是一个公交公司的领导明知道这条郊区公交线路肯定会亏本,还是会坚持运营,只要一天中有人来乘坐。

共产主义社会,就是面对党旗宣誓“我志愿加入中国共产党”时,没有一丝心虚。

共产主义社会,就是志愿者的社会。

做不到这些,不是共产主义,连社会主义也不是,最多也就是高GDP的资本主义初级阶段。但是我们也不用太灰心,当身边又多了一个志愿者时,我们离共产主义就近了一步。

初品BioPerl(第六篇:从远程数据库下载序列之一)

十一月 30, 2010

相信大家都等不及了!以前的序列都是自己手动从网上下载下来的,万一序列很长而国际网速又很慢的话,你的浏览器就会被折腾得死去活来。所以你一定很想知道是否使用BioPerl下载起来能方便一些。
      但在这之前,我还是要先唠叨几句:
     (1)Perl的主要任务是处理文本文件。远程下载只是作为一个扩展功能,所以能不用的话尽量别用,不要让你的Perl太吃力。
     (2)你仍然需要有一个稳定的国际网络连接,否则下载到一半即终止是很头疼的事情。
     (3)想清楚你要下载什么物种的序列。如果是人、酵母这样的标准模式生物,还是先去问一下系统管理员吧!说不定他早已经帮大家下载好并放到某个公共的目录里了,你再下载一遍的话又浪费空间又浪费带宽(存放人类全基因组的gbk文件估计有几个G),浪费就是极大的犯罪。如果你发现好心的系统管理员已经帮你下载好了序列,你只需将它们链接到自己的目录下面即可(注意是链接而不是复制,否则主机又白白浪费了一倍的空间)。
     (4)到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes上(或者你知道的其他ftp服务器上)找一下你需要的物种基因组是不是已经在上面了。请找仔细一点。如果找到了,就不要麻烦Perl了,还是使用lftp命令连接到ftp上,使用get(或mget)命令直接下载文件吧,多方便!
     (5)如果很不幸没有找到,那么可以让Perl来帮你做这件事。
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我的博客100天了

十一月 26, 2010

曾多次希望能在漫无边际的Internet海洋中寻找一个安逸的家,随之而来的却是一次又一次的失望。直到我遇上wordpress之后,这个家才最终安定下来。

今天是开博100天的日子,当然并不是建站100天。因为10月7日之前的内容是从原来的wordpress.com博客中“无缝对接”转移过来的,为了不让大家感觉太突兀,我还是把起始日期定在了8月18日。不管怎么说吧,我一直把它当作自己的家一样精心呵护,虽然是虚拟的。眼看着自己的“家”越来越漂亮,访客也越来越多,心里自然乐滋滋的。

我希望,也尽力,让这个家,永驻青春~一年,五年,十年,二十年,……永远……永远……

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