初品BioPerl(第七篇:对象的类型)

一月 16, 2011

时常听到有人说,XXX语言是面向过程的,而XXX语言是面向对象的……我认为这种说法不是很妥当,面向过程和面向对象只是一种编程的思路而已,和具体的编程语言无关。Perl应该算是一种面向过程的语言(它可以写得很像C的风格,虽然我不大喜欢),但如果你大量调用了BioPerl的模块,它就是一种不折不扣的面向对象的思路。
      因为我们是在调用别人编写的(标准的)BioPerl模块,所以里面使用到的各种对象的结构都是别人已经定义好的,我们无须了解内部的细节。但是了解一下这个对象的类型却是很有必要的,因为它关系到你能够调用这个对象的哪些属性和方法。比如,一写出 $seq_obj,可以想到它能调用 ->seq这样的方法;而一写出 $seqio_obj,可以想到它能调用 ->next_seq 这样的方法。如何查看一个对象的类型呢?很简单,用ref函数。
      下面可以来复习下之前提过的各种对象。
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虚拟机的那些事儿

一月 11, 2011

以前我一直使用Vmware Player运行XP虚拟机。记得最初在Windows下试用Ubuntu也是用的它。后来“倒转”过来了,发现Vmware Player也有Linux版本,于是就用它了,速度还不错(因为电脑的配置挺好),但是Vmware Player就是有两个致命的缺点:(1)安装Vmware tools实在太麻烦了,那个龟速要令我吐血的。(2)虚拟机和宿主机之间的切换也不方便。
      后来在bbs上听说有个Virtual BOX(以下简称vbox了)也可以用作虚拟机,而且据说有个非常棒的“无缝模式”。今天试用了一下,虚拟了个XP,果然很不错,而且还解决了一直困扰我半年多的QQ问题。
      下面我来比一比两者:
(1)安装软件:最新版的vm大概有150多M,vbox约为40M左右,安装过程都一样的方便,前者在命令行中运行bundle文件,后者之间双击deb包就行。接下来的就全部都是点菜单鼠标的操作了。安装完成后vm是全英文的界面,vbox是部分中文的界面,由此可见开源软件有多么强大。 🙂
(2)安装虚拟操作系统:vm大家应该都会安装。vbox的安装有点奇特,是先建立一个“空的”操作系统如Windows XP,再开启它,才会出现下一步的安装指南。显然这有点违背常理了:系统都没有安装好,怎么就运行了呢?所以还是希望开发者在以后的版本中改一下吧(应该给出两个选择,或者是直接安装,或者是新建一个空系统,再安装)。至于安装的介质,那都是可选择多种的,可以是真实的光盘片,也可以是iso文件。
(3)调节屏幕分辨率:vm要安装vm tools,vbox要安装扩展组件,两者一比后者显然要比前者简单啦!前者还要下载,太慢了。安装好之后调整窗口大小就可以调节屏幕分辨率了。
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直到今天我才发现原来鼠标中键也是可以按下去的

一月 5, 2011

我第一次接触电脑和鼠标是在2003年,那时就已经是三键鼠标了。当时我就知道,鼠标左键单击是选中对象,双击是打开对象;右键单击是弹出菜单;中键一般都是滚轮(至少90%的鼠标都是这样的吧),前后滚动可以翻动页面。当然如果鼠标用得时间太长了,滚轮可能就会失灵,我就遇到过好几次。
      本来我并不想这么快更新博客的,但是今天发现的这件事实在让我太开心啦~
      我身边的同学都使用Windows系统,他们主要使用putty软件远程登录到Linux主机上工作。起初我也用了一段时间的putty,黑乎乎的界面不怎么喜欢,而且最致命的缺点是对中文支持不大好。但是putty有一个很棒的功能:智能复制/粘贴(我自己瞎想出来的称号)。相信用过putty的朋友一定印象很深刻:只要你用鼠标在终端里选中一些文本,这些文本就会自动进入剪贴板;再在需要的地方单击一下右键,文本就复制到该处了
      现在我使用Ubuntu的gnome-terminal来进行终端的操作,虽然界面很漂亮,但putty的这个功能是没有了,因为你在终端上单击右键也是弹出菜单。要复制/粘贴只能通过“点菜单”了。有一段时间我甚至傻乎乎地按下了Ctrl+C来复制(Windows用习惯了),后来才发现在终端可以按下Ctrl+Shift+C复制,按下Ctrl+Shift+V粘帖。虽然还是比较麻烦,但至少比点菜单要快一些了。
      今天我才发现了一个窍门,是在网上搜出来的,而且是无意中搜出来的,因为以前想不到会有这个玩意儿:
      在gnome-terminal中,用鼠标左键选中一些文本,再在需要的地方单击一下中键,文本就会复制到该处。 🙂 估计其它terminal可能也有哦!

PS:其实我现在发现,大部分型号的鼠标的中键还是不能按,只能滚;如果不能按中键,可以同时按左、右键来达到上述效果。但是我手脚比较笨,按不起来~

2010最后留念

十二月 31, 2010

终于又能坐在实验室的电脑前了!能有机会为2010年留下最后一点留念!
     过去的两个礼拜对我来说是相当不幸的。由于某些未知原因导致我突发脚趾感染,接连在床上躺了十几天,即使现在也还没有痊愈,但至少我能独立行走啦。过去的十几天我算是体验到了残疾人的滋味,体会到了双脚的重要性(有些事情没有亲身经历过真是不可言传的)。想想自己在十月和十一月虚度的日子,真是惭愧。再想想上个星期课题貌似要出结果了,偏偏这时我却病倒了,差点把最后的英语课给落下,想想真是遗憾。
     幸运的是,有那么多的同学朋友在关心我,那么多的师兄在照顾我(不瞒你说,最开始的那几天我几乎都失去自理能力了,进出医院都是师兄背着我的),我真的感到好温暖好幸福。两星期来天气也一直很暖和,没有下雪,给我的治疗和康复带来了很大的便利。再加上亲爱的琳琳也一直鼓励着我,今天我终于能回到久违的实验室了。真心地跟大家说声:谢谢!
     新的一年我要做什么呢?呵呵,首先当然得通过期末考试吧!然后呢,继续经营这个小屋(看到顶上有个BioPerl的页面了吗?以后关于BioPerl的就往那儿放了),继续检验老板的假说(如果人品好一些就发个paper吧),在家过个好年(从今年开始可以和爸妈安安心心地过年了),争取能品味到我期待已久的《仙剑奇侠传五》,和好朋友多去几个地方玩玩……嘻嘻,暂时能想到的就这些喽!忘记伤痛吧,2011年一定很不错!

wordpress升级到3.0.4

十二月 31, 2010

我在最初建立这个博客时用的是3.0.1版的wordpress,之后几个月虽然提示有更新,但是我一直心存恐惧不敢贸然操作,因为我在网上看到过不少因为更新失败导致博客崩溃的悲剧。偏偏昨天又冒出来个3.0.4版的更新,而且据说这次的更新非常“紧急”,既然都到了这个节骨眼上,而且又是新年。我想新年该有个新貌,不知哪来的勇气,准备冒险更新一下。采用的是最懒的方法——后台自动升级。
      步骤么,很简单:首先是备份。我之前一直不敢更新,原因就在这儿。虽然我的主机有DirectAdmin控制面板,可是不知为什么在学校里经常会掉线,所以想使用它来备份是不可能的。于是乎我又选了个最笨的方法:使用wordpress导出工具直接导出了一个400K的xml文件,就算完事了。第二步是停用所有的插件。我当时一激动(不知道为什么激动)竟然把这一步忘了,直接点了“升级”,幸亏我反应及时,按住了浏览器的“停止”键,然后回到插件界面,手动停止了所有的插件(我的插件很少的)。最后当我回到升级界面时,却发现已经升级完毕了,查看了一下源代码,确实已经是3.0.4版。看来之前并没有“暂停”住。 🙂
      最后手动启用插件,一切正常。原来就是这么简单啊!很多事只要放手去做,并没有想象中那么困难。

初品BioPerl(第六篇:从远程数据库下载序列之二)

十二月 12, 2010

假设我们现在要下载两条Genbank格式的序列,它们的编号分别是AC013798和AC021953,你也许会试着这么写:

@seq_obj = $db_obj -> get_Seq_by_acc('AC013798','AC021953'); 

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