初品BioPerl(第五篇:序列格式的转换)

十一月 17, 2010

有的时候,从远程数据库里下载得到的基因序列、蛋白质序列是诸如Genbank、EMBL或SwissProt之类的复杂格式,而如果要对这些序列进行blast或clustalw之类的比对,就必须把它们转换成fasta格式的序列才行。
      序列转换,是不是要有很复杂的技巧才行呢?当然不是,其实还挺简单。我们前面已经知道如何从文件中获取序列,现在要做的,就是把获得的序列以另一种格式写入新的文件中。瞧!转换就不知不觉地完成了。
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恭喜博客荣登Alexa排行榜,送上鲜花三朵~

十一月 15, 2010

今天打开博客,瞅了一眼下方的Alexa状态栏,居然发现已经进入排行榜了!虽然名次挺靠后嘀(第4,856,005名)^_^不过对于刚刚成立一个月的网站来说我觉得已经很不容易啦~什么?你说这个网站不是已经有3个多月了吗?实话告诉你哦!其实是我写博客快三个月了,只是以前一直在wordpress.com上写(站名也叫“清纯自然”呢,网址:http://billzt.wordpress.com),后来为了方便管理,才决定迁移到独立站点上来。那天正好是国庆假期最后一天哦~

      好啦,怎么说呢,反正谢谢大家啦!送上自己拍摄的三朵花吧~希望大家以后继续支持哦~ 🙂
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怀念南京的法国梧桐

十一月 8, 2010

  走过师大宿舍楼下,抬头看见一棵大树,粗壮的枝干,硕大的树叶,枝叶间悬挂着两个球或三个球,很是眼熟。哦,这就是法国梧桐。孤零零就这一棵而已。
      于是,我想起了南京的法国梧桐。
      乘坐汽车去南京,无论从哪个方向进城,都会看到在高速公路的出口旁看到一排醒目的大红标语:

建设中国东部城市绿色中心

      许多人会以为这又是哪个官员心血来潮想出来的口号。我知道其实不是。至今为止我去过14个城市,都在东部,没有一个城市比南京更绿,哪怕是看似位于青山碧水之间的黄山市。我想也许位于西南边陲的贵阳、昆明会有另一番绿意盎然的景象,但至少在东部,南京是当之无愧的绿色之王。
      如果说武汉的地图是蓝色的,上海的地图是灰色的,那么南京的地图就是绿色的。
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城门失火,殃及池鱼

十一月 5, 2010

QQ——主要基于Windows平台的聊天软件;360——完全基于Windows平台的杀毒软件,对于Linux用户来说绝对是风马牛不相及的事情。当QQ与360争得面红耳赤之时,不少像我一样的Linux玩家颇有隔岸观火的意味,庆幸自己选择了一个没有病毒且没有流氓软件的操作系统。 🙂
      但是,中国有句古话说得太好了:城门失火,殃及池鱼。腾讯为了对抗360推出的“WebQQ客户端”,干脆“自断其臂”,关闭了WebQQ。
      可能外行人还是看不出这和Linux用户有什么关系,问题就出在WebQQ身上。我在“盘点我在Ubuntu/gnome桌面上使用的软件 (一)”一文中曾经提过,由于腾讯的官方Linux客户端和不少Linux发行版提供的第三方客户端都存在严重缺陷,所以许多要使用QQ的Linux用户都不约而同地转向了WebQQ。事实上之前Linux系统唯一能使用的QQ客户端也就是WebQQ。
      现在你应该看出来城门失火是怎么殃及池鱼的了。何况现在风波已去,双方气也消了,也准备开始握手言和。不少用户也反应QQ与360能“和平共存”,唯独把Linux用户落在脑后了。
      不想再多说了。

初品BioPerl(第四篇:从本地文件中获取Genbank序列)

十月 30, 2010

这一篇哪,其实主要是复习性质的。你可以松口气,边欣赏、边回味用世界上最美的程序语言(Perl)是如何解析复杂的、神秘的生物大分子序列的。

BioPerl比普通的Perl更简单吗?

      如果你只是解析简单的fasta序列的话,BioPerl未必很简单,甚至刚开始还比普通的Perl更加难懂呢~但是如果你准备解析一些很复杂的序列格式(或程序输出结果),比如Genbank,SwissProt,EMBL,blast……这时BioPerl威力就显现了。

什么时候使用BioPerl?

      看一下两个例子,你就明白啦~
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手把手教你如何在演示文稿和电子表格软件中输入上下标

十月 18, 2010

还在为PPT或EXCEL中打不出好看的CO2或是Fe3+而烦恼吗?这种日子将一去不复返了!既然在WORD中都可以打出漂亮的上下标来,凭什么在PPT或是EXCEL中办不到呢?
好吧,下面假设你要输入的是CO2(千万别问我CO2是什么东西啊!我要晕的)   😆

一、Powerpoint:
(1)先输入正常的CO2
(2)选中“2”,单击右键,选择“字体”,会跳出下面的对话框。
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