初品BioPerl(第二篇:构造一条fasta序列)

十月 8, 2010

接下来我们就来讨论BioPerl的用法。根据一句经典名言,Perl的用途“90%与文本处理有关,10%与其它事务有关”(改编自小驼书),Perl语言的强项就在于文本处理(当然主要是纯文本,和许多Unix工具如grep, awk, sed等工具类似哦!),而恰好大多数生物信息学数据都是以纯文本的形式存放的(包括蛋白质、核酸等序列文件,序列比对文件,进化树文件等),所以BioPerl当初设计的初衷就是为了分析、处理这些文本数据文件。当然随着模块越来越多,BioPerl的功能也扩展了,现在也有人喜欢用BioPerl作为下载工具来下载序列,或者用来运行blast程序等。虽然不是不可以,但我并不建议这么做,因为通过BioPerl来运行的blast程序肯定没有直接运行的blast程序来得快,来得灵活。正如同想要删除一个文件,我们一般都会执行rm file.txt,而不会另外编一个Perl程序说:perl -e 'unlink "file.txt"'
      进入正题啦!首先,生物信息学处理最多的问题是什么?当然就是蛋白质和核酸序列喽!生物大分子序列的书写有好多种格式,如Fasta, Genbank, EMBL, SwissProt等。其中Fasta是最简单的序列格式,所以我们先来学习使用BioPerl来构造fasta序列。当然这在实际工作上意义不大,因为大部分序列应该从数据库中下载得到(或者通过程序运算出来),而不是自己构造出来的。我们在下一篇会学习如何从文件中提取fasta序列。现在还是先打基础吧。 ^_^
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北京地坛图书节,抱回一只大勇气

九月 23, 2010

      哈哈,好可爱哦!就是太大了一点,想要抱着它睡觉,有点别扭~~~
      其实我最期待的是花楹,可惜时间久了,都没人提了。我希望哪一天好心的寰宇能把花楹也做出来啊!

初品BioPerl(第一篇:让BioPerl在你的电脑上安家)

九月 18, 2010

Perl的模块有两类,一类是内置在Perl中的,比如小驼书中提到的CGI,File::Basename等,所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们;另一类则是与Perl相分离的,所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸,BioPerl属于后者。而且,安装过程对某些人某些电脑来说不是很容易。
        首先,如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流,已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话,那么恭喜你,安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单! 😛 打开新立德软件包管理器,输入BioPerl搜索,出现的第一项就是(目前的版本是1.6.1),然后右键点击选择“安装”,系统就会自动把所有依赖的软件包全部安装上。怎么样,是不是很方便呢?而且将来某一天若BioPerl有了更新,可以很方便地使用新立德来升级。
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一叶落而知天下秋

九月 18, 2010

——以此纪念2010年京城的第一个秋天
秋风吹,秋雨飘。2010年9月17日,秋天终于来啦!
      今年的秋天迟到了两个多礼拜。希望老天爷能多慷慨一些,多赏赐我些许凉意,让我尽情享受这秋高气爽的日子吧!

初品BioPerl(序:让程序读起来更生动)

九月 13, 2010

或许在接触BioPerl之前你可能已听说过这个词,但却不明白它是做什么用的。其实,它的用途很简单:让我们的Perl程序读起来更生动一点儿,好听一点儿,易懂一点儿。没错,哪怕你不用BioPerl,同样可以完成相同的任务!而且可能执行的速度更快!但是这样一来,虽然便宜了机器,却苦了我们自己呵! 🙁
      闲话休提,言归正传。我们来看一个“小驼书”中的例子(强烈建议你在学习BioPerl之前至少把小驼书啃十遍。BioPerl属于高级课题,若根基不稳,学起来是很痛苦嘀!)。
      在变量$name中存放了一个文件路径名,请取出它的文件基名(basename)和目录名(dirname),再把它们重新连接成完整的文件名(咋一看这个操作很无聊,没关系,这只是个例子而已)。我们应该会写出这样的代码: Continue Reading »

Ubuntu10.04下安装系统字体最简单的方法

八月 30, 2010

现在ubuntu的X window功能可不是一般的强大耶 :D!以前想要在Linux中安装新的字体,都要用很复杂的命令,什么mkfontscale啦,mkfontdir啦,fc-cache啦,结果最后搞了一大堆还是在菜单中搞不出字体来 :x。好啦,如果你用的是Ubuntu 10.04 (或以上)的版本,这种日子已去不复返啦!现在我就来教你怎样安装新的系统字体。
      第一步:找到需要的Truetype字体文件(比如我想安装宋体,就到windows系统分区上找到simsun.ttc文件)
      第二步:直接双击打开它,你就可以看到字体预览效果啦!(中文字体的预览句子很有意思:我能吞下玻璃而不伤身体。嘿嘿 :D)
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