密码子的简并性

十二月 15, 2014

“密码子简并”的概念在中学生物里就提过,即几个不同的密码子可以编码相同的氨基酸。但是密码子简并的规律之前却一直是模模糊糊的,趁这次刚完成类似的课题。趁热打铁总结一下:

首先,为了直观、方便地看密码子的简并,我们需要一张“环形密码子图”,而非通常教科书上的那种“方格形密码子表”。下面就是我常用的一张环形密码子图,它的核心由三个同心圆组成:由里到外分别表示第 1 位、第 2 位和第 3 位密码子,外圈是密码子编码的氨基酸及其理化特性。
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用bioperl计算比对的相似度

十二月 7, 2014

BioPerl 的比对模块(Bio::Align)中有三个方法用来计算比对相似度,它们分别是 percentage_identity,overall_percentage_identity 与 average_percentage_identity。

下面先以两条序列的比对为例,假设在文本文件 align.fasta 中放如下比对(FASTA 格式):


>seqA
CACAC--CCG
>seqB
CTCACATCCG

这个比对长10bp,第 2 位碱基不同,第 6、7 位还有 gap。下面来看这三个方法计算结果的差异:
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iPad还是GoodReader看PDF电子书最方便

十一月 23, 2014

最近常在iPad上看PDF电子书,尝试过多看阅读、Adobe Reader 和 GoodReader等软件,感觉还是GoodReader 最方便,归结如下:

Adobe Reader:优点是轻巧,缺点是无法进行双面模式阅读,此外目录栏里面长的标题就显示不全了。

多看阅读:之前在 Android 平台上用过,优点是界面漂亮,可以双面模式阅读。缺点严重:复杂的 PDF 很难做标记,因为文字选择功能特别不灵敏。

GoodReader:具有 Adobe Reader 的完美功能,并且可以进行双面模式阅读。缺点是界面没中文,但无妨大碍,英文能看懂。此外软件收费,但最近以1元价格促销,很划算。

值得赞的是所有的阅读软件都可以调用iOS内置的词典进行查询,但是怎样扩充词典呢?目前内置词典内容有些单薄!

RSS悲剧的时刻到来了

十一月 13, 2014

自从Google Reader被墙之后,换到了鲜果网,现在悲剧的时刻到来了:

致鲜果RSS阅读器用户:

各位鲜果RSS阅读器用户,很遗憾的通知大家,鲜果团队将在2014年12月12日关闭RSS订阅服务。感谢大家长期以来的支持,希望大家理解我们的这一决定。

鲜果团队今后将更加专注于鲜果客户端的发展,为大家提供更优质的阅读体验。请到各大应用市场搜索“鲜果”或访问http://xianguo.com/apps下载鲜果客户端。

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如您希望继续使用其他RSS订阅服务,可参考罗昭锋老师的迁移教程 http://t.cn/R7gNUUP (同时提供视频 http://t.cn/R7gNUUv). 非常感谢罗昭锋老师!

谢谢!

鲜果团队

2014/11/12

接下来先考虑inoreader吧。试用一段时间后再来报告。

Windows perl处理中文

七月 29, 2014

最近在提分网做了一段时间的兼职,工作主要是试题校对,经常需要进行文本替换操作,纯手工操作特别麻烦,于是我就想到是否可以借助 Perl 的正则表达式功能来进行替换。但是以前工作中仅用 Perl 处理过纯英文的字符串,现在要面临的是中文字符串,或者中英文以及数学公式、标点符号混合字符串,而且还是在 Windows 平台上,Perl 能否胜任?

通常,最初测试 Perl 是否正常运行的语句是:

print "Hello, world\n";

那么,如果要测试它打印中文字符串,可以尝试:

print "你好!\n";

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BLASTN适用于极短的序列搜索的参数

七月 21, 2014

今天遇到一个小问题:需要搜索若干极短的DNA序列(不到20bp)的来源,首先想到的是BLAST,但是直接用默认参数肯定不行了。后来在某个大学的网站上找到了调整BLAST参数以适应极短的序列搜索的方法:

BLAST Parameters for short query sequences

For searching sequence similarities within very short fragments, BLAST may not be the best choice. If you want to tackle this anyhow, the word size should be reduced to the minimum, and the expectation value should be adjusted as well. Minimal settings for word size are -W 7 for blastn, and -W 2 for blastx in conjunction with reducing the neighborhood word threshold score to -f 8 or below (this is only necessary for blastx). Expectation value should be -E 100. Yes, that's no joke. When comparing against large databases like NT or NR, such high amounts of expected random hits have to be accepted. A lower eValue threshold could be used when only nearly exact matches are desired.

其实主要就是把-W 设成7.尝试过,1条8bp长的序列,就算是严格地在库中存在,如果只用默认参数,啥也搜不到。如果加上-W 7,就可以搜到。

但是第一句话已经给出了警告:对于这样的搜索,其实BLAST并不是最好的选择。究竟有什么更合适的呢?

 

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