哀外滩

一月 1, 2015

刚写完游西四海的日志之后,方才看到上海外滩的悲剧新闻,给上海的同学打电话确认平安之后才放心。

关于此次事故孰是孰非,网上已有太多评论,我不想对此妄作议论。跨入新年的朋友们,请慢下自己的脚步,平平淡淡的生活才是美。

元旦西四海之行

一月 1, 2015

北京故宫往西有六个湖,从北到南依次为西海、后海、前海、北海、中海和南海,不过最后两个的用途你知道的,不对外开放,所以只能游前四个。我是以徒步锻炼为主,游览为辅,仅半天时间就走完“西四海”了,当然如果边走边逛估计得一整天。
点击此处继续阅读 ^_^

密码子的简并性

十二月 15, 2014

“密码子简并”的概念在中学生物里就提过,即几个不同的密码子可以编码相同的氨基酸。但是密码子简并的规律之前却一直是模模糊糊的,趁这次刚完成类似的课题。趁热打铁总结一下:

首先,为了直观、方便地看密码子的简并,我们需要一张“环形密码子图”,而非通常教科书上的那种“方格形密码子表”。下面就是我常用的一张环形密码子图,它的核心由三个同心圆组成:由里到外分别表示第 1 位、第 2 位和第 3 位密码子,外圈是密码子编码的氨基酸及其理化特性。
点击此处继续阅读 ^_^

用bioperl计算比对的相似度

十二月 7, 2014

BioPerl 的比对模块(Bio::Align)中有三个方法用来计算比对相似度,它们分别是 percentage_identity,overall_percentage_identity 与 average_percentage_identity。

下面先以两条序列的比对为例,假设在文本文件 align.fasta 中放如下比对(FASTA 格式):


>seqA
CACAC--CCG
>seqB
CTCACATCCG

这个比对长10bp,第 2 位碱基不同,第 6、7 位还有 gap。下面来看这三个方法计算结果的差异:
点击此处继续阅读 ^_^

iPad还是GoodReader看PDF电子书最方便

十一月 23, 2014

最近常在iPad上看PDF电子书,尝试过多看阅读、Adobe Reader 和 GoodReader等软件,感觉还是GoodReader 最方便,归结如下:

Adobe Reader:优点是轻巧,缺点是无法进行双面模式阅读,此外目录栏里面长的标题就显示不全了。

多看阅读:之前在 Android 平台上用过,优点是界面漂亮,可以双面模式阅读。缺点严重:复杂的 PDF 很难做标记,因为文字选择功能特别不灵敏。

GoodReader:具有 Adobe Reader 的完美功能,并且可以进行双面模式阅读。缺点是界面没中文,但无妨大碍,英文能看懂。此外软件收费,但最近以1元价格促销,很划算。

值得赞的是所有的阅读软件都可以调用iOS内置的词典进行查询,但是怎样扩充词典呢?目前内置词典内容有些单薄!

RSS悲剧的时刻到来了

十一月 13, 2014

自从Google Reader被墙之后,换到了鲜果网,现在悲剧的时刻到来了:

致鲜果RSS阅读器用户:

各位鲜果RSS阅读器用户,很遗憾的通知大家,鲜果团队将在2014年12月12日关闭RSS订阅服务。感谢大家长期以来的支持,希望大家理解我们的这一决定。

鲜果团队今后将更加专注于鲜果客户端的发展,为大家提供更优质的阅读体验。请到各大应用市场搜索“鲜果”或访问http://xianguo.com/apps下载鲜果客户端。

从即日起,RSS阅读器用户可以通过鲜果网导出自己的订阅数据,导出网址:http://xianguo.com/my/opml。用户以前收藏的文章还可以继续登录鲜果阅读。

如您希望继续使用其他RSS订阅服务,可参考罗昭锋老师的迁移教程 http://t.cn/R7gNUUP (同时提供视频 http://t.cn/R7gNUUv). 非常感谢罗昭锋老师!

谢谢!

鲜果团队

2014/11/12

接下来先考虑inoreader吧。试用一段时间后再来报告。

 

Copyright © 2010-2018 | Powered by Wordpress and MySQL. Theme by Shlomi Noach, openark.org