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下次试试

一、mapping

在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1、chr1_gl000191_random这样的序列，把它们去掉！否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一，把mapping quality定为0，导致后续无法发现相应区域内的变异位点，造成假阴性！

二、CNV

不用什么特殊的软件或pipeline，直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度，然后除一下看看比例就行（用LOG2转换一下更形象）

三、SV

推荐使用COSMOS，速度比较快（5000X的大panel大约40min），无需复杂的参数，直接表格式结果，取size值高的即可（即supporting reads数目）。注意每个SV事件会列出两行。

四、SNP与INDEL

1. 为了组合单倍型，GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数（默认是1，可以增大比如20），但这不是万能的！拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对！必要时用IGV确认一下。
2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法，把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
3. INDEL存在位置滑移的问题，需要确定位于cDNA 3' 端（可以用IGV核对一下，反正IDNEL不多）
4. --germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性（例如SNP正好落在里面），如果时间充裕可以去掉它再运行一次，看看有没有多出来位点

链接在此不详述

几个要点：

1. Windows上配置好openssh之后（例如修改PATH），先自己用windows内置终端连接一次，确保没问题。
2. VScode需要重启一下，否则会提示找不到ssh
3. 大部分扩展是不共享的，需要重新安装
4. v1.36之后有文件传输功能了
5. CentOS6不能直接安装，需要先升级GLibc
6. 开发app（例如python FLASK）时，注意设定打开当前文件夹即可，这样子Python能够自动识别venv虚拟环境（否则vscode只能使用系统默认的python，十分麻烦）。
7. VSCode中搜索 html.validate.scripts 设置并关闭，以避免系统老是提示HTML中嵌入JS部分出错问题。

名称	打包格式	首发日期
搜狗输入法	deb	2014/04/17
WPS	deb 与 rpm	约2012/03/28
百度网盘	rpm	2019/06/14
网易云音乐	deb	未知

资料来自：科普书《复杂》和知乎网站。

假设存在这么一个“停机程序”，不管它是怎么实现的，但是它能够回答“停机问题”：它接受一个“程序”和一个“输入”，然后判断这个“程序”在这个“输入”下是否能给出结果：

def is_halt(program, input) -> bool:
  # 返回 True  如果 program(input) 会返回
  # 返回 False 如果 program(input) 不返回

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• 年初：开始看房，但是感觉没有合意的（户型、朝向、周边环境、业主欠款情况），反而觉得自己现在租的这个最好，因此决定购买现在租的这个。
• 5月9日-5月20日：与业主协商价格、付款方式、贷款银行、合同条款等，自己录入网签合同，预约银行面签时间。
• 5月23日：和配偶、 业主一起去工商银行网点办手续：签合同、交定金、办理首期款资金监管（银行POS机刷的）、签各种贷款协议，由于是组合贷款，签字的地方比较多。
• 5月26日：评估公司上门评估。
• 5月27日：缴纳评估费。
• 6月4日：公积金审核完毕（在微信小程序上查得）。
• 6月13日： 工商银行电话审核。
• 6月17日：工商银行通知贷款已审核通过（其实6月14日已经能在app上查询获得贷款结果）。
• 6月20日：去不动产登记中心交件（在微信公众号上预约“国有建设用地使用权登记及房屋所有权转移登记”）、办理公证（业主香港人，需公证）
• 6月27日：去不动产登记中心缴税、领证、办理抵押（那儿居然不让复印产权证，只能自己拍照扫描了）。银行放首期款给业主。
• 7月3日：去把公积金取出来用了。
• 7月7日：在工行app上查到了贷款合同，时间为7月4日，显示额度为71万。
• 7月9日：工行贷款联系人告知商贷部分71万已放款，还款日期为下月开始每月9日。
• 7月12日：公积金放款