PacBio CCS：99.8% 的准确率 + 13.5kb读长？

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0217-9

确实很动心，准备拿 SRX5327410 试试。

一、事件概述

https://exp.newsmth.net/topic/article/abb937df00c434cab140327d0add6bcd

https://m.21jingji.com/article/20190625/e2958508b410eaa94c78723a0f751541.html?from=singlemessage&isappinstalled=0

一次正常的购房行为，交易却无法顺利完成。

更为蹊跷的是，在买卖双方都未出面也不知情的情形下，中介自己却完成了网签、撤销网签的过程，并且在网签合同中诡异地出现了一名买卖双方均不认识的共同买受人，网签撤销之后，买方先期支付的147万购房首付资金全部划转至这名共同买受人账户中，最终去向不得而知。

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一对情侣之间的内部纠纷，最后演变成震惊全世界的大变局！

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loli：https://sb.sb/blog/css-cdn/

下次试试

一、mapping

在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1、chr1_gl000191_random这样的序列，把它们去掉！否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一，把mapping quality定为0，导致后续无法发现相应区域内的变异位点，造成假阴性！

二、CNV

不用什么特殊的软件或pipeline，直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度，然后除一下看看比例就行（用LOG2转换一下更形象）

三、SV

推荐使用COSMOS，速度比较快（5000X的大panel大约40min），无需复杂的参数，直接表格式结果，取size值高的即可（即supporting reads数目）。注意每个SV事件会列出两行。

四、SNP与INDEL

1. 为了组合单倍型，GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数（默认是1，可以增大比如20），但这不是万能的！拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对！必要时用IGV确认一下。
2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法，把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
3. INDEL存在位置滑移的问题，需要确定位于cDNA 3' 端（可以用IGV核对一下，反正IDNEL不多）
4. --germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性（例如SNP正好落在里面），如果时间充裕可以去掉它再运行一次，看看有没有多出来位点

链接在此不详述

几个要点：

1. Windows上配置好openssh之后（例如修改PATH），先自己用windows内置终端连接一次，确保没问题。
2. VScode需要重启一下，否则会提示找不到ssh
3. 大部分扩展是不共享的，需要重新安装
4. v1.36之后有文件传输功能了
5. CentOS6不能直接安装，需要先升级GLibc
6. 开发app（例如python FLASK）时，注意设定打开当前文件夹即可，这样子Python能够自动识别venv虚拟环境（否则vscode只能使用系统默认的python，十分麻烦）。
7. VSCode中搜索 html.validate.scripts 设置并关闭，以避免系统老是提示HTML中嵌入JS部分出错问题。