一个用于定位含简并碱基的oligo的工具

四月 30, 2019

能用于定位oligo(或primer)的工具很多,比如BioEdit、BLASTN都可以,但是它们不能处理简并碱基的情况,只会把简并碱基当成错配。

现在列一个能够用于定位含简并碱基的oligo的工具:usearch中的search_oligodb命令。

命令格式为:

usearch -search_oligodb [your/target/seq.fa] -db [your/probes.fa] -alnout or -blast6out [your/result] 

可用参数有:

-strand: plus or both
-maxdiffs: [int]

posted in IT by billzt

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