2月
05
2020

QIIME2入坑记

更新于: 2020 二月 5

(1)运行dada2错误,要求查看/tmp/qiime2-q2cli-err-XXX.log,里面显示:

R version 3.5.1 (2018-07-02) 
载入需要的程辑包:Rcpp
Error: package or namespace load failed for ‘Rcpp’ in rbind(info, getNamespaceInfo(env, "S3methods")):
 矩阵的列数必需相符(见arg2)
错误: 无法载入程辑包‘Rcpp’
停止执行

原因:R版本冲突,conda自带R3.5,而系统上自己安装了R3.6,且有~/.Rprofile自定义了R的库文件位置。则dada2调用R时,误读取了R3.6的库。

解决办法:把~/.Rprofile中的库暂时屏蔽掉。

(2)运行feature-table summarize错误:Value must be a nonnegative integer or None

原因:安装好qiime之后又自己升级了包。注意qiime2-XXXX-py36-linux-conda.yml文件里面已经指定好了包的版本,不能改的。

解决方法:重新安装qiime。

posted in Biology Science by billzt

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