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  • CDN公共库

    七月 5, 2019

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    下次试试

  • NGS检测体细胞突变数据分析几个要点

    七月 5, 2019

    一、mapping

    在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1chr1_gl000191_random这样的序列,把它们去掉!否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一,把mapping quality定为0,导致后续无法发现相应区域内的变异位点,造成假阴性!

    二、CNV

    不用什么特殊的软件或pipeline,直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度,然后除一下看看比例就行(用LOG2转换一下更形象)

    三、SV

    推荐使用COSMOS,速度比较快(5000X的大panel大约40min),无需复杂的参数,直接表格式结果,取size值高的即可(即supporting reads数目)。注意每个SV事件会列出两行。

    四、SNP与INDEL

    1. 为了组合单倍型,GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数(默认是1,可以增大比如20),但这不是万能的!拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对!必要时用IGV确认一下。
    2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法,把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
    3. INDEL存在位置滑移的问题,需要确定位于cDNA 3' 端(可以用IGV核对一下,反正IDNEL不多)
    4. --germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性(例如SNP正好落在里面),如果时间充裕可以去掉它再运行一次,看看有没有多出来位点

  • vscode 远程开发插件

    六月 21, 2019

    链接在此不详述

    几个要点:

    1. Windows上配置好openssh之后(例如修改PATH),先自己用windows内置终端连接一次,确保没问题。
    2. VScode需要重启一下,否则会提示找不到ssh
    3. 大部分扩展是不共享的,需要重新安装
    4. v1.36之后有文件传输功能了
    5. CentOS6不能直接安装,需要先升级GLibc
    6. 开发app(例如python FLASK)时,注意设定打开当前文件夹即可,这样子Python能够自动识别venv虚拟环境(否则vscode只能使用系统默认的python,十分麻烦)。
    7. VSCode中搜索 html.validate.scripts 设置并关闭,以避免系统老是提示HTML中嵌入JS部分出错问题。

  • 有Linux版本的国产桌面软件列表

    六月 17, 2019
    名称打包格式首发日期
    搜狗输入法deb2014/04/17
    WPSdeb 与 rpm约2012/03/28
    百度网盘rpm2019/06/14
    网易云音乐deb未知
  • 图灵的“停机问题”

    五月 25, 2019

    资料来自:科普书《复杂》和知乎网站

    假设存在这么一个“停机程序”,不管它是怎么实现的,但是它能够回答“停机问题”:它接受一个“程序”和一个“输入”,然后判断这个“程序”在这个“输入”下是否能给出结果:

    def is_halt(program, input) -> bool:
      # 返回 True  如果 program(input) 会返回
      # 返回 False 如果 program(input) 不返回
    (更多…)
  • 购房记

    五月 25, 2019
    • 年初:开始看房,但是感觉没有合意的(户型、朝向、周边环境、业主欠款情况),反而觉得自己现在租的这个最好,因此决定购买现在租的这个。
    • 5月9日-5月20日:与业主协商价格、付款方式、贷款银行、合同条款等,自己录入网签合同,预约银行面签时间。
    • 5月23日:和配偶、 业主一起去工商银行网点办手续:签合同、交定金、办理首期款资金监管(银行POS机刷的)、签各种贷款协议,由于是组合贷款,签字的地方比较多。
    • 5月26日:评估公司上门评估。
    • 5月27日:缴纳评估费。
    • 6月4日:公积金审核完毕(在微信小程序上查得)。
    • 6月13日: 工商银行电话审核。
    • 6月17日:工商银行通知贷款已审核通过(其实6月14日已经能在app上查询获得贷款结果)。
    • 6月20日:去不动产登记中心交件(在微信公众号上预约“国有建设用地使用权登记及房屋所有权转移登记”)、办理公证(业主香港人,需公证)
    • 6月27日:去不动产登记中心缴税、领证、办理抵押(那儿居然不让复印产权证,只能自己拍照扫描了)。银行放首期款给业主。
    • 7月3日:去把公积金取出来用了。
    • 7月7日:在工行app上查到了贷款合同,时间为7月4日,显示额度为71万。
    • 7月9日:工行贷款联系人告知商贷部分71万已放款,还款日期为下月开始每月9日。
    • 7月12日:公积金放款
 

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