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  • sanger测序区分indel杂合子

    八月 21, 2019

    sanger测序如果遇到indel杂合突变,两条allele的测序峰交织在一起会导致峰图几乎不可读。

    Indigo是一个用于解决该问题的在线工具,可以直接上传abi文件,拆分两条allele。

    但是,Indigo运行速度经常很慢,解决方法是使用它的命令行版本:tracy.

  • 高精度的PacBio测序?

    八月 15, 2019

    PacBio CCS:99.8% 的准确率 + 13.5kb读长?

    https://www.nature.com/articles/s41587-019-0217-9

    确实很动心,准备拿 SRX5327410 试试。

  • NGS检测体细胞突变数据分析几个要点

    七月 5, 2019

    一、mapping

    在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1chr1_gl000191_random这样的序列,把它们去掉!否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一,把mapping quality定为0,导致后续无法发现相应区域内的变异位点,造成假阴性!

    二、CNV

    不用什么特殊的软件或pipeline,直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度,然后除一下看看比例就行(用LOG2转换一下更形象)

    三、SV

    推荐使用COSMOS,速度比较快(5000X的大panel大约40min),无需复杂的参数,直接表格式结果,取size值高的即可(即supporting reads数目)。注意每个SV事件会列出两行。

    四、SNP与INDEL

    1. 为了组合单倍型,GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数(默认是1,可以增大比如20),但这不是万能的!拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对!必要时用IGV确认一下。
    2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法,把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
    3. INDEL存在位置滑移的问题,需要确定位于cDNA 3' 端(可以用IGV核对一下,反正IDNEL不多)
    4. --germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性(例如SNP正好落在里面),如果时间充裕可以去掉它再运行一次,看看有没有多出来位点

  • 图灵的“停机问题”

    五月 25, 2019

    资料来自:科普书《复杂》和知乎网站

    假设存在这么一个“停机程序”,不管它是怎么实现的,但是它能够回答“停机问题”:它接受一个“程序”和一个“输入”,然后判断这个“程序”在这个“输入”下是否能给出结果:

    def is_halt(program, input) -> bool:
      # 返回 True  如果 program(input) 会返回
      # 返回 False 如果 program(input) 不返回
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  • 科普书籍《海明威的猫——基因是如何运作的》

    三月 7, 2019

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    首先提一下“海明威”(Ernest Miller Hemingway),《老人与海》的作者。当然本书着重描述的是一只“六趾猫”。这是他生前一名水手曾送给他的,有六只脚趾。这只猫的后代在海明威位于佛罗里达州威斯特礁的庄园里繁衍生息,目前共有50只。这是由于音速刺猬基因的调控区域出现变异而引起的。

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  • 科普书籍:《大脑简史》

    一月 20, 2019

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    中学生物课程中最难的要数神经系统,大学生理课上关于神经系统的部分也是令人恐慌。如果我能够早十年看这本书,可能就不会这么怕。(然而不可能,这本书在大陆是2018年出版的)。

    谢老师的科普书籍《大脑简史》与知名科普书籍《自私的基因》类似,使用比喻、拟人手法,描述了大脑的起源和进化历程,以及意识(意志?心灵?灵魂?)是啥。

    先说该书的目录结构,非常有条理而且形象。

    1. 一代王者的诞生(讲神经细胞)
    2. 世纪帝国的形成(讲神经系统)
    3. 穷兵黩武的竞赛(讲感觉与感觉器官)
    4. 掌控一切的基因(讲大脑)
    5. 跳脱轮回的反叛(讲意志、心灵)
    6. 摆脱束缚的未来(讲灵魂移植)
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