• 2019年终盘点

    十二月 31, 2019

    先看2018年的

    领证
    搞定香港优才计划🟡进行中
    出国(非港澳)旅游一次
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  • MacOS部分快捷键技巧

    十二月 15, 2019
    • Finder显示隐藏文件:Command+Shift+.
    • 查询文字:选中文字之后Ctrl+Command+D(Office、Firefox等都可以,只不过firefox有时候会有偏移)

  • 从ENA下载SRA

    十二月 12, 2019

    最近(2020年以来),Aspera(ascp)无法从NCBI下载SRA了,但是可以用ENA下载。现在以(SRR8815512)为例:

    第一步:获取准确链接

    访问https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR8815512,获取准确链接如下:

    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR881/002/SRR8815512/SRR8815512_1.fastq.gz
    ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR881/002/SRR8815512/SRR8815512_1.fastq.gz

    可以看出中间出现了一个奇怪的数字002。

    第二步:打开防火墙33001端口

    -I INPUT -p tcp --dport 33001 -j ACCEPT
    -I OUTPUT -p tcp --dport 33001 -j ACCEPT

    第三步:下载

    ascp -P 33001 -v -k 1 -T -l 300m -i XXX/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR881/002/SRR8815512/SRR8815512_1.fastq.gz

 

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