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  • 构建nCOV病毒系统发育树:选什么做外群?

    三月 18, 2020

    很多人包括我在内以为是需要选其他冠状病毒(例如SARS、蝙蝠冠状病毒)作为外群,但是有这么一个事实需要注意: 蝙蝠CoV-RaTG13与人类SARS-CoV-2在全基因组上的核苷酸平均相似度只有96%(意味着1100个核苷酸的差异) ,而目前所有SARS-CoV-2的核苷酸差异不超过10个。 用这么远的外群构建的树没有任何意义。

    来自知乎的这个回答详细阐明了这一点: https://www.zhihu.com/question/376680418/answer/1056586877

    真正适合于作为系统发育树的“根”的,还真是Wuhan-Hu-1 (也是参考序列NC_045512)。

 

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