QIIME2入坑记

二月 5, 2020

(1)运行dada2错误,要求查看/tmp/qiime2-q2cli-err-XXX.log,里面显示:

R version 3.5.1 (2018-07-02) 
载入需要的程辑包:Rcpp
Error: package or namespace load failed for ‘Rcpp’ in rbind(info, getNamespaceInfo(env, "S3methods")):
 矩阵的列数必需相符(见arg2)
错误: 无法载入程辑包‘Rcpp’
停止执行

原因:R版本冲突,conda自带R3.5,而系统上自己安装了R3.6,且有~/.Rprofile自定义了R的库文件位置。则dada2调用R时,误读取了R3.6的库。

解决办法:把~/.Rprofile中的库暂时屏蔽掉。

(2)运行feature-table summarize错误:Value must be a nonnegative integer or None

原因:安装好qiime之后又自己升级了包。注意qiime2-XXXX-py36-linux-conda.yml文件里面已经指定好了包的版本,不能改的。

解决方法:重新安装qiime。

MKV文件提取音频和字幕

一月 22, 2020

音频

ffmpeg -i foo.mkv foo.mp3 # 如果感觉音量太轻,则加一个 -vol 656 参数试试。

字幕

# 第一个字幕
ffmpeg -i foo.mkv -map 0:s:0 foo.ass # 或foo.srt,看原来是什么格式就写什么格式。
# 第二个字幕
ffmpeg -i foo.mkv -map 0:s:1 foo.ass # 或foo.srt,看原来是什么格式就写什么格式。

利用MacOS自带的预览工具来抠背景

一月 2, 2020

https://support.apple.com/zh-cn/guide/preview/prvw15636/mac

真是太牛逼了。

2019年终盘点

十二月 31, 2019

先看2018年的

领证
搞定香港优才计划🟡进行中
出国(非港澳)旅游一次
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MacOS部分快捷键技巧

十二月 15, 2019
  • Finder显示隐藏文件:Command+Shift+.
  • 查询文字:选中文字之后Ctrl+Command+D(Office、Firefox等都可以,只不过firefox有时候会有偏移)

NCBI prefetch下载SRA

十二月 12, 2019

基本格式

prefetch --max-size 100G -O ./ SRAXXXX
或者
prefetch --max-size 100G -O ./ --option-file SraAccList.txt

注意:

  1. --max-size默认只有20G,所以要改
  2. 不要去添加-a、-t这些参数,现在即使ascp安装在家目录,prefetch也能识别。添加了反而出错
  3. -O ./ 表示下载到当前目录,否则默认会下载到家目录下面的ncbi文件夹
  4. 不是所有的文件都能使用ascp下载。参见链接
 

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