蝴蝶效应

七月 22, 2019

一对情侣之间的内部纠纷,最后演变成震惊全世界的大变局!

CDN公共库

七月 5, 2019

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下次试试

NGS检测体细胞突变数据分析几个要点

七月 5, 2019

一、mapping

在参考基因组中可能会见到诸如 chr6_apd_hap1chr1_gl000191_random这样的序列,把它们去掉!否则bwa在做mapping时会认为这些区域的reads匹配不唯一,把mapping quality定为0,导致后续无法发现相应区域内的变异位点,造成假阴性!

二、CNV

不用什么特殊的软件或pipeline,直接使用samtools bedcov target.bed tumor.bam normal.bam去计算每个目标区间的覆盖度,然后除一下看看比例就行(用LOG2转换一下更形象)

三、SV

推荐使用COSMOS,速度比较快(5000X的大panel大约40min),无需复杂的参数,直接表格式结果,取size值高的即可(即supporting reads数目)。注意每个SV事件会列出两行。

四、SNP与INDEL

  1. 为了组合单倍型,GATK4 Mutect2可以加上--max-mnp-distance参数(默认是1,可以增大比如20),但这不是万能的!拿到VCF结果之后根据坐标排序仔细核对!必要时用IGV确认一下。
  2. FilterMutectCalls会添加很多过滤标签。一般采用排除法,把contamination、normal_artifact、weak_evidence、position 这些标签过滤掉即可。
  3. INDEL存在位置滑移的问题,需要确定位于cDNA 3' 端(可以用IGV核对一下,反正IDNEL不多)
  4. --germline-resource 这个参数有时会带来一些假阴性(例如SNP正好落在里面),如果时间充裕可以去掉它再运行一次,看看有没有多出来位点

vscode 远程开发插件

六月 21, 2019

链接在此不详述

几个要点:

  1. Windows上配置好openssh之后(例如修改PATH),先自己用windows内置终端连接一次,确保没问题。
  2. VScode需要重启一下,否则会提示找不到ssh
  3. 大部分扩展是不共享的,需要重新安装
  4. v1.36之后有文件传输功能了
  5. CentOS6不能直接安装,需要先升级GLibc
  6. 开发app(例如python FLASK)时,注意设定打开当前文件夹即可,这样子Python能够自动识别venv虚拟环境(否则vscode只能使用系统默认的python,十分麻烦)。
  7. VSCode中搜索 html.validate.scripts 设置并关闭,以避免系统老是提示HTML中嵌入JS部分出错问题。

有Linux版本的国产桌面软件列表

六月 17, 2019
名称打包格式首发日期
搜狗输入法deb2014/04/17
WPSdeb 与 rpm约2012/03/28
百度网盘rpm2019/06/14
网易云音乐deb未知

图灵的“停机问题”

五月 25, 2019

资料来自:科普书《复杂》和知乎网站

假设存在这么一个“停机程序”,不管它是怎么实现的,但是它能够回答“停机问题”:它接受一个“程序”和一个“输入”,然后判断这个“程序”在这个“输入”下是否能给出结果:

def is_halt(program, input) -> bool:
  # 返回 True  如果 program(input) 会返回
  # 返回 False 如果 program(input) 不返回
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